AT5G41720.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.881 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box protein-related (TAIR:AT1G64290.1); Has 70 Blast hits to 70 proteins in 11 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 70; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16683342..16683905 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21856.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.36 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 187 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMMNSPLDYD VLLEIMSYCP ATEMAKFRLL SKECNKRSYE MSFINRHLHR TNSFLGYIFY YKDNKWFRNH SCFVSGVDEK DKNRINLAFL PPLCNVSIEA 101: CDTHHGILLC VDVVFKGRQK IPDYIVCKPA TKQYRIIPNP KTRFGTVATG LMVISSNPFR YKIIRVSDTW ARVGRDGVYN LRESLFE |
||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)