AT5G40810.2
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.999 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Cytochrome C1 family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Cytochrome C1 family; FUNCTIONS IN: electron carrier activity, iron ion binding, heme binding, electron transporter, transferring electrons within CoQH2-cytochrome c reductase complex activity; LOCATED IN: mitochondrion, mitochondrial respiratory chain, mitochondrial respiratory chain complex III; EXPRESSED IN: 23 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome c1 (InterPro:IPR002326), Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal (InterPro:IPR021157), Cytochrome c domain (InterPro:IPR009056); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Cytochrome C1 family (TAIR:AT3G27240.1); Has 3544 Blast hits to 3544 proteins in 780 species: Archae - 0; Bacteria - 1175; Metazoa - 215; Fungi - 208; Plants - 106; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1840 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:16340670..16342327 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28732.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.90 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 260 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGAGITGLLS FSTVASADEA EHGLECPNYP WPHEGILSSY DHASIRRGHQ VYQQVCASCH SMSLISYRDL VGVAYTEEEA KAMAAEIEVV DGPNDEGEMF 101: TRPGKLSDRL PEPYSNESAA RFANGGAYPP DLSLVTKARH NGQNYVFALL TGYRDPPAGI SIREGLHYNP YFPGGAIAMP KMLNDEAVEY EDGTPATEAQ 201: MGKDVVSFLS WAAEPEMEER KLMGFKWIFL LSLALLQAAY YRRLKWSVLK SRKLVLDVVN |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)