AT5G40040.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 ASURE: cytosol What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 60S acidic ribosomal protein family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
60S acidic ribosomal protein family; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome; INVOLVED IN: translational elongation; LOCATED IN: cytosolic ribosome, ribosome; EXPRESSED IN: 7 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage, D bilateral stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein 60S (InterPro:IPR001813); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: 60S acidic ribosomal protein family (TAIR:AT3G28500.1); Has 1312 Blast hits to 1311 proteins in 335 species: Archae - 56; Bacteria - 1; Metazoa - 381; Fungi - 288; Plants - 339; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 247 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:16029913..16030257 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 11759.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 114 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKVVAAYLLA KLSGNENPSV ADLKKIVESV GAEIDQEKID LFFSLIKDRD VTELIAVGRE KMAALSSGGG AVAVASGGGG GAAPAAEPAS VESKKKEEEK 101: EESEDDGGMM SLFD |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)