AT5G39440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SNF1-related protein kinase 1.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SNF1-related protein kinase 1.3 (SnRK1.3); FUNCTIONS IN: protein serine/threonine kinase activity, protein kinase activity, kinase activity, ATP binding; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: cultured cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Kinase-associated KA1 (InterPro:IPR001772), Serine/threonine-protein kinase domain (InterPro:IPR002290), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271), Ubiquitin-associated/translation elongation factor EF1B, N-terminal, eukaryote (InterPro:IPR015940), Protein kinase, Snf1-like AMPK (InterPro:IPR015741), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Calcium/calmodulin-dependent protein kinase-like (InterPro:IPR020636); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SNF1 kinase homolog 11 (TAIR:AT3G29160.2); Has 134559 Blast hits to 132128 proteins in 4775 species: Archae - 156; Bacteria - 15425; Metazoa - 49691; Fungi - 13625; Plants - 32691; Viruses - 538; Other Eukaryotes - 22433 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:15781907..15784699 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56699.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 494 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDGSSEKTTN KLVSILPNYR IGKTLGHGSF AKVKLALHVA TGHKVAIKIL NRSKIKNMGI EIKVQREIKI LRFLMHPHII RQYEVIETPN DIYVVMEYVK 101: SGELFDYIVE KGKLQEDEAR HLFQQIISGV EYCHRNMIVH RDLKPENVLL DSQCNIKIVD FGLSNVMHDG HFLKTSCGSP NYAAPEVISG KPYGPDVDIW 201: SCGVILYALL CGTLPFDDEN IPNVFEKIKR GMYTLPNHLS HFARDLIPRM LMVDPTMRIS ITEIRQHPWF NNHLPLYLSI PPLDTIDQAK KIEEEIIQNV 301: VNIGFDRNHV VDSLANRIQN EATVAYHLIL DNRNQNSVPN DPFQSKFKEI SDGIFNSTLP VQNITSHVGH SFSALYGLKS NVKDDKTWTL GLQSQGSPYD 401: IMTEIFKALQ NLKICWKKIG LYNIKCRWVR SFAYYKNHTI EDECAIILPT VIKFEIQLYK VREGKYLLDI LRIDGPQFIF FDLCVAFLRE LGVL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)