AT5G39300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : expansin A25 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of Alpha-Expansin Gene Family. Naming convention from the Expansin Working Group (Kende et al, 2004. Plant Mol Bio) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
expansin A25 (EXPA25); INVOLVED IN: plant-type cell wall modification involved in multidimensional cell growth, unidimensional cell growth, plant-type cell wall loosening; LOCATED IN: extracellular region; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pollen allergen, N-terminal (InterPro:IPR014734), Rare lipoprotein A (InterPro:IPR005132), Pollen allergen/expansin, C-terminal (InterPro:IPR007117), Barwin-related endoglucanase (InterPro:IPR009009), Expansin (InterPro:IPR002963), Expansin/Lol pI (InterPro:IPR007118), Expansin 45, endoglucanase-like (InterPro:IPR007112); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: expansin A23 (TAIR:AT5G39280.1); Has 2135 Blast hits to 2132 proteins in 157 species: Archae - 0; Bacteria - 6; Metazoa - 0; Fungi - 30; Plants - 2067; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 32 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15737427..15738387 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 28520.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 260 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MATLLVSMSY GHRAMINDVA EAPVIDNVGS PTNGLDSSWY DARATFYGDI HGGETQQGAC GYGDLFKQGY GLETAALSTA LFNEGYTCGA CYQIMCVHDP 101: QWCLPGTIKI TATNFCPPDY SKTEGVWCNP PQKHFDLSLP MFLKIAQYKA GVVPVKYRRI SCARTGGVKF ETKGNPYFLM ILPYNVGGAG DIKLMQVKGD 201: KTGWITMQKN WGQNWTTGVN LTGQGISFRV TTSDGVTKDF NNVMPNNWGF GQTFDGKINF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)