AT5G38710.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Methylenetetrahydrofolate reductase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Methylenetetrahydrofolate reductase family protein; FUNCTIONS IN: proline dehydrogenase activity; INVOLVED IN: oxidation reduction, proline catabolic process, glutamate biosynthetic process; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 12 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Proline dehydrogenase (InterPro:IPR002872), Proline oxidase (InterPro:IPR015659); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Methylenetetrahydrofolate reductase family protein (TAIR:AT3G30775.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:15501340..15503899 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 53077.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 476 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MANRFLRPNL IHRFSTVSPV GPPTTIIPEI LSFDQPKPEV DLDLSDQARL FASVPISTLL RSTAILHATS IGPMVDLGSW LMSSKLMDTT VTRDLVLRIV 101: KGTFYDHFCA GEDAAAAARR VSSVYESTGL KGMLVYGVEH AEDGGACDEN IQKFIETVEA AKTLPSSHLS SVVVKITAIC PMNVLKRVSD LLRWQYKNPN 201: FKLPWKLNSF PVFSGLSPLY HTTSEPEPLT VEEERELEKA HERLKSVCLR CQESNVPLLI DAEDTILQPA IDYMAYWSAI MFNSDKDRPI VYNTIQAYLK 301: DAGERLHLAL RESEKMNVPI GFKLVRGAYM SSEAKLADSL GYKSPVHDTI QNTHDCYNDC MSFLMEKASN GSGIAVILAT HNTDSGKLGA RKASELGINK 401: ENGKIEFAQL YGMSDALSFG LKRAGFNVSK YMPYGPVDTA IPYLIRRAYE NRGMMSTGAL DRQLMRKELK RRVMAW |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)