AT5G38590.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.756 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
F-box/RNI-like/FBD-like domains-containing protein; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: FBD (InterPro:IPR013596), FBD-like (InterPro:IPR006566), F-box domain, Skp2-like (InterPro:IPR022364), Leucine-rich repeat 2 (InterPro:IPR013101); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: F-box/RNI-like superfamily protein (TAIR:AT5G38570.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15452066..15453455 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 47115.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.06 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 410 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDKINGLPDD LLVKILSYVP TDIAVSTSIL SKRWEFLWMW LPNLDYTSRW CRKPGDVGLR DFIHKNLPLH RAPVIESLRF HSNSPDIKPE DIRRWIEIAV 101: SRHVHDLDID HFSENENIFL SSFFACKSLV TLKLRSVTLR DIPSMVCLPS LKTLLLDNVS FVEGKSLQEL LSICPVLEDL SVYCDDYENT KELTIVVPSL 201: LSLSLYIPDE WLLDGYWIDT PSLEYLKLED WNSCDHLSLI KNMPKLREAY VDAKCFLPKS VIESITSVKH LTICSKDGYG DGFVFNQLEH LTLCVCRGDS 301: PSLLGQLLKD SPNLRILEIS VMEDHVDDVG ISLDGWNQPS SVPECLLSSL QIFKWPQYLG RPEDRDIAVY ILKNARHLKK TTILADRCER FVTQRRMIKE 401: LLQALPARIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)