AT5G38410.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribulose bisphosphate carboxylase (small chain) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribulose bisphosphate carboxylase (small chain) family protein; FUNCTIONS IN: ribulose-bisphosphate carboxylase activity; INVOLVED IN: carbon fixation, response to blue light, response to red light, response to far red light; LOCATED IN: in 7 components; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain (InterPro:IPR000894); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribulose bisphosphate carboxylase (small chain) family protein (TAIR:AT5G38430.1); Has 1997 Blast hits to 1974 proteins in 459 species: Archae - 0; Bacteria - 424; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 974; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 599 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15377501..15378306 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19396.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.18 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.15 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 174 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASSMLSSAA VVTSPAQATM VAPFTGLKSS AAFPVTRKTN KDITSIASNG GRVSCMKVWP PIGKKKFETL SYLPDLSDVE LAKEVDYLLR NKWIPCVEFE 101: LEHGNTPGYY DGRYWTMWKL PLFGCTDSAQ VLKEVEECKK EYPGAFIRII GFDNTRQVQC ISFIAYKPPS FTEA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)