AT5G37900.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.993 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TRAF-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
TRAF-like superfamily protein; FUNCTIONS IN: ubiquitin-protein ligase activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: multicellular organismal development, protein ubiquitination, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: nucleus, plasma membrane; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: TRAF-like (InterPro:IPR008974), Seven-in-absentia protein, TRAF-like domain (InterPro:IPR018121), Zinc finger, SIAH-type (InterPro:IPR013010), Seven In Absentia Homolog-type (InterPro:IPR013323), Seven-in-absentia protein, sina (InterPro:IPR004162); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein with RING/U-box and TRAF-like domains (TAIR:AT5G37910.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15093903..15094802 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27486.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 241 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MVGALEALIS QGHGGERVAK RQRSATLLDL DILDCPICCE GLTCPIFQPM ENILESILVT CPNDMFGCTE SFLYGKKSTH EEECIFSLCS CPSLDCEYSG 101: RYEDLYDHYK LTHISNSYWT TNCFRSSIPY KAPMLISDKI QITRVYEKKI LFAVQCFRES CGVYVTVSCI APSAPEVGQF SYQISYTVDE HTMVYRSPQM 201: KRVRKVSFET PQENFMLIPH NLLRSELLDI KLSIVETSNQ E |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)