AT5G37780.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.983 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : calmodulin 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a calmodulin that is involved in thigmomorphogenesis. Gene expression is rapidly induced upon a variety of abiotic stimuli, including water spray, subirrigation, wind, touch, wounding, or darkness. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
calmodulin 1 (CAM1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: EF-Hand 1, calcium-binding site (InterPro:IPR018247), EF-HAND 2 (InterPro:IPR018249), EF-hand-like domain (InterPro:IPR011992), Calcium-binding EF-hand (InterPro:IPR002048), EF-hand (InterPro:IPR018248); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: calmodulin 4 (TAIR:AT1G66410.1); Has 29914 Blast hits to 22079 proteins in 1723 species: Archae - 3; Bacteria - 127; Metazoa - 13080; Fungi - 6590; Plants - 6083; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 4031 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:15004769..15006117 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 19813.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 3.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 175 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MADQLTDEQI SEFKEAFSLF DKDGDVFVLS DLGFDFKRLS NCLETTPELS HGCITTKELG TVMRSLGQNP TEAELQDMIN EVDADGNGTI DFPEFLNLMA 101: KKMKDTDSEE ELKEAFRVFD KDQNGFISAA ELRHVMTNLG EKLTDEEVEE MIREADVDGD GQINYEEFVK IMMAK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)