AT5G37640.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.996 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ubiquitin 9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
polyubiquitin gene with 4 ubiquitin repeats. The first ubiquitin repeat has 16 amino acid replacements. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
ubiquitin 9 (UBQ9); INVOLVED IN: protein modification process, ubiquitin-dependent protein catabolic process; LOCATED IN: nucleolus, cell wall, intracellular, plasma membrane; EXPRESSED IN: cultured cell; EXPRESSED DURING: seedling growth; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ubiquitin subgroup (InterPro:IPR019956), Ubiquitin conserved site (InterPro:IPR019954), Ubiquitin (InterPro:IPR000626), Ubiquitin supergroup (InterPro:IPR019955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ubiquitin 4 (TAIR:AT5G20620.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:14952782..14953750 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 36258.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.07 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 322 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSMQIHAKTL TEKTITIDVV SSDTINNVKA KIQDIEGIPL DQQRLIFSGK LLDDGRTLAD YSIQKDSILH LALRLRGGMQ IFVKTLTGKT ITLEVESSDT 101: IDNVKAKIQD KEGVPPDQQR LIFAGKQLDD GRTLADYNIQ KESTLHLVLR LRGGMQIFVR TLTRKTIALE VESSDTTDNV KAKIQDKEGI PPDQQRLIFA 201: GKQLEDGRTL ADYNIQKEST LHLVLRLCGG MQIFVNTLTG KTITLEVESS DTIDNVKAKI QDKERIQPDQ QRLIFAGEQL EDGYYTLADY NIQKESTLHL 301: VLRLRGGECF GFIFLFLLCF NS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)