AT5G36700.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-phosphoglycolate phosphatase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
2-phosphoglycolate phosphatase 1 (PGLP1); FUNCTIONS IN: phosphoglycolate phosphatase activity; INVOLVED IN: metabolic process; LOCATED IN: chloroplast stroma, chloroplast; EXPRESSED IN: 7 plant structures; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA (InterPro:IPR006357), 2-phosphoglycolate phosphatase, eukaryotic (InterPro:IPR006349); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Haloacid dehalogenase-like hydrolase (HAD) superfamily protein (TAIR:AT5G36790.3); Has 4544 Blast hits to 4541 proteins in 1432 species: Archae - 113; Bacteria - 2784; Metazoa - 605; Fungi - 179; Plants - 108; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 755 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:14421929..14424430 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 39763.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.13 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 362 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLSRSVASAV TPVSSSSLLP NSKPIFCLKT LSGYRSSSFC GGCIRKINHK PLRMTSSNIT PRAMATQQLE NADQLIDSVE TFIFDCDGVI WKGDKLIEGV 101: PETLDMLRAK GKRLVFVTNN STKSRKQYGK KFETLGLNVN EEEIFASSFA AAAYLQSINF PKDKKVYVIG EEGILKELEL AGFQYLGGPD DGKRQIELKP 201: GFLMEHDHDV GAVVVGFDRY FNYYKIQYGT LCIRENPGCL FIATNRDAVT HLTDAQEWAG GGSMVGALVG STQREPLVVG KPSTFMMDYL ADKFGIQKSQ 301: ICMVGDRLDT DILFGQNGGC KTLLVLSGVT SISMLESPEN KIQPDFYTSK ISDFLSPKAA TV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)