AT5G35600.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histone deacetylase7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
histone deacetylase7 (HDA7); FUNCTIONS IN: histone deacetylase activity; INVOLVED IN: histone deacetylation; LOCATED IN: nucleus; EXPRESSED IN: flower; EXPRESSED DURING: petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone deacetylase (InterPro:IPR003084), Histone deacetylase superfamily (InterPro:IPR000286); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone deacetylase 6 (TAIR:AT5G63110.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:13770121..13771712 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 46019.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.40 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 409 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLADGGKR RVSYFYEPMI GDYYYGVNQP TKPQRIRVTH NLILSYNLHR HMEINHPDLA DASDFEKFHS LEYINFLKSV TPETVTDPHP SVSENLKRFN 101: VDVDWDGPVF HNLFDYCRAY AGGSISAAAK LNRQEADIAI NWAGGMHHVK KDKASGFGYV NDVVLAILEL LKSFKRVLYI EIGFPHGDEV EEAFKDTDRV 201: MTVSFHKVGD TGDISDYGEG KGQYYSLNAP LKDGLDDFSL RGLFIPVIHR AMEIYEPEVI VLQCGADSLA GDPFGTFNLS IKGHGDCLQY VRSFNVPLMI 301: LGGGGYTLPN VARCWCYETA IAVGEQLDND LPGNDYMKYF RPDYKLHILP TNRQNLNTRL DIITMRETLL AQLSLVMHAP SVPFQDTPSS SQATEAAEVD 401: MEKRNDPRI |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)