AT5G35360.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 ASURE: plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : acetyl Co-enzyme a carboxylase biotin carboxylase subunit | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes biotin carboxylase subunit (CAC2). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
acetyl Co-enzyme a carboxylase biotin carboxylase subunit (CAC2); FUNCTIONS IN: biotin carboxylase activity, acetyl-CoA carboxylase activity; INVOLVED IN: fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast, chloroplast stroma, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 16 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Carbamoyl phosphate synthase, large subunit, N-terminal (InterPro:IPR005481), Carbamoyl phosphate synthetase, large subunit, ATP-binding (InterPro:IPR005479), Acetyl-CoA carboxylase, biotin carboxylase (InterPro:IPR004549), PreATP-grasp-like fold (InterPro:IPR016185), Biotin carboxylation domain (InterPro:IPR011764), ATP-grasp fold (InterPro:IPR011761), Biotin carboxylase, C-terminal (InterPro:IPR005482), ATP-grasp fold, subdomain 2 (InterPro:IPR013816), Pre-ATP-grasp fold (InterPro:IPR013817), Rudiment single hybrid motif (InterPro:IPR011054); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: methylcrotonyl-CoA carboxylase alpha chain, mitochondrial / 3-methylcrotonyl-CoA carboxylase 1 (MCCA) (TAIR:AT1G03090.2); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:13584300..13588268 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 58390.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.14 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 537 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDASMITNSK SITSPPSLAL GKSGGGGVIR SSLCNLMMPS KVNFPRQRTQ TLKVSQKKLK RATSGGLGVT CSGGDKILVA NRGEIAVRVI RTAHEMGIPC 101: VAVYSTIDKD ALHVKLADEA VCIGEAPSNQ SYLVIPNVLS AAISRGCTML HPGYGFLSEN ALFVEMCRDH GINFIGPNPD SIRVMGDKAT ARETMKNAGV 201: PTVPGSDGLL QSTEEAVRVA NEIGFPVMIK ATAGGGGRGM RLAKEPGEFV KLLQQAKSEA AAAFGNDGCY LEKFVQNPRH IEFQVLADKF GNVVHFGERD 301: CSIQRRNQKL LEEAPSPALT AELRKAMGDA AVAAAASIGY IGVGTVEFLL DERGSFYFME MNTRIQVEHP VTEMIYSVDL IEEQIRVAMG EKLRYKQEDI 401: VLRGHSIECR INAEDPFKGF RPGPGRITSY LPSGGPFVRM DSHVYSDYVV PPSYDSLLGK LIVWAPTREK AIERMKRALN DTIITGVPTT INYHKLILDV 501: EDFKNGKVDT AFIVKHEEEL AEPQEIVAVK DLTNATV |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)