AT5G28490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein of unknown function (DUF640) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a nuclear protein that mediates light regulation of seedling development in a phytochrome-dependent manner. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
LIGHT-DEPENDENT SHORT HYPOCOTYLS 1 (LSH1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein of unknown function DUF640 (InterPro:IPR006936); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein of unknown function (DUF640) (TAIR:AT3G04510.1); Has 311 Blast hits to 311 proteins in 18 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 14; Fungi - 0; Plants - 297; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:10454541..10455113 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 21654.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.57 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.94 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 190 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDLISHQPNK NPNSSTQLTP PSSSRYENQK RRDWNTFCQY LRNHRPPLSL PSCSGAHVLE FLRYLDQFGK TKVHHQNCAF FGLPNPPAPC PCPLRQAWGS 101: LDALIGRLRA AYEENGGPPE ANPFGSRAVR LFLREVRDFQ AKARGVSYEK KRKRVNRQKP QTQPPLQLQQ QQQQPQQGQS MMANYSGATV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)