AT5G27930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.800 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein phosphatase 2C family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Protein phosphatase 2C family protein; FUNCTIONS IN: protein serine/threonine phosphatase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein phosphatase 2C-related (InterPro:IPR001932), Protein phosphatase 2C (InterPro:IPR015655), Protein phosphatase 2C, N-terminal (InterPro:IPR014045); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein phosphatase 2C family protein (TAIR:AT3G05640.2); Has 5854 Blast hits to 5851 proteins in 292 species: Archae - 2; Bacteria - 6; Metazoa - 1439; Fungi - 687; Plants - 2519; Viruses - 5; Other Eukaryotes - 1196 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:9958199..9960219 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 41585.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.33 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 373 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGHFSSMFNG LARSFSIKKV KNNNGNCDAK EAADEMASEA KKKELILKSS GYVNVQGSNN LASLFSKRGE KGVNQDCALV WEGFGCQEDM IFCGIFDGHG 101: PWGHYVAKQV RNSMPLSLLC NWQKILAQAT LEPELDLEGS NKKISRFDIW KQSYLKTCAT VDQELEHHRK IDSYYSGTTA LTIVRQGEVI YVANVGDSRA 201: VLAMESDEGS LVAVQLTLDF KPNLPQEKER IIGCKGRVFC LDDEPGVHRV WQPDAETPGL AMSRAFGDYC IKEYGLVSVP EVTQRHISTK DHFIILASDG 301: IWDVISNQEA IEIVSSTAER PKAAKRLVEQ AVRAWKKKRR GYSMDDMSVV CLFLHSSSSS SLSQHHHAMT ILK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)