AT5G27140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : NOP56-like pre RNA processing ribonucleoprotein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
NOP56-like pre RNA processing ribonucleoprotein; FUNCTIONS IN: DNA binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: membrane; EXPRESSED IN: leaf; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Pre-mRNA processing ribonucleoprotein, snoRNA-binding domain (InterPro:IPR002687), NOP5, N-terminal (InterPro:IPR012974), NOSIC (InterPro:IPR012976); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NOP56-like pre RNA processing ribonucleoprotein (TAIR:AT5G27120.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:9548542..9550597 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49381.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.28 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 445 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLVLFETSGG FALFKVLDEG KLSNVEDLGT EFYSAESARR MGLHKFLKNN CDDGEILAVA DPKLGDIITE KLDIECVHND AVMELLRGVR SQLTELLSGL 101: DDNDLAPVSL ELSHILARYK LKITSDKTMI ILSISLLDDL DKELNTYTTS VCELYGLHFP ELANIVQDNI LYAKVVKLMG NRINAATLDF SEILADEVEA 201: ELKEASMVST RTEVSDLDLM HIQELCDQVL SIAEDKTLLC DDLKNKMNKI APNLTALVGE LVGARLISHC GSLWNLSKLP WSTIQILGAE KTLYKALKTK 301: QATPKYGLIY HAPLVRQAAP ENKGKIARSL AAKSALAIRC DAFGNGQDNT MGVESRLKLE ARLRNLEGGD LGACEEEEEV NDKDTKKEAD DEEEPKTEEC 401: SKKRKKEAEL ETVEDPAKKS KQEVKDVVKT NKYVHKNVNI KVLSL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)