AT5G26742.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 0.871 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEAD box RNA helicase (RH3) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 1138 (emb1138); FUNCTIONS IN: in 6 functions; INVOLVED IN: embryo development ending in seed dormancy; EXPRESSED IN: guard cell; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), GUCT (InterPro:IPR012562), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: putative mitochondrial RNA helicase 2 (TAIR:AT3G22330.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:9285540..9288618 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 70897.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 655 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTLTATTTTL KLMMVKNSLS LNLVCLNVLK SLLRNVRAVL VPALQGRDII ARAKTGTGKT LAFGIPIIKR LTEEAGDYTA FRRSGRLPKF LVLAPTRELA 101: KQVEKEIKES APYLSTVCVY GGVSYTIQQS ALTRGVDVVV GTPGRIIDLI EGRSLKLGEV EYLVLDEADQ MLAVGFEEAV ESILENLPTK RQSMLFSATM 201: PTWVKKLARK YLDNPLNIDL VGDQDEKLAE GIKLYAIATT STSKRTILSD LITVYAKGGK TIVFTQTKRD ADEVSLALSN SIATEALHGD ISQHQRERTL 301: NAFRQGKFTV LVATDVASRG LDIPNVDLVI HYELPNDPET FVHRSGRTGR AGKEGSAILM HTSSQKRTVR SLERDVGCHF EFISPPTVGD LLESSADQVV 401: ATLNGVHPDS IKFFSATAQK LYEEKGTDAL AAALAHLSGF SQPPSSRSLL SHEKGWVTLQ LIRDPTNARG FLSARSVTGF LSDLYRTAAD EVGKIFLIAD 501: DRIQGAVFDL PEEIAKELLE KDVPEGNSLS MITKLPPLQD DGPSSDNYGR FSSRDRMPRG GGGSRGSRGG RGGSSRGRDS WGGDDDRGSR RSSGGGSSWS 601: RGGSSSRGSS DDWLIGGRSS SSSRAPSRER SFGGSCFICG KSGHRATDCP DKRGF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)