AT5G26040.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.756 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : histone deacetylase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Class III RPD3 type protein. Encodes HDA2, a member of the histone deacetylase family proteins. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
histone deacetylase 2 (HDA2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Histone deacetylase superfamily (InterPro:IPR000286); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: histone deacetylase 6 (TAIR:AT5G63110.1); Has 8459 Blast hits to 8281 proteins in 1419 species: Archae - 213; Bacteria - 3093; Metazoa - 1435; Fungi - 484; Plants - 429; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2805 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:9099321..9101598 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43806.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.04 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 387 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MTHTRVISTW TELTRDLAIY LLFTFFAIKV FKFLFSCNRT SEISSFSMAT HPEALRRERI LNSKLYFDVP LSKVSIIYSS SYDISFMGIE KLHPFDSSKW 101: GRVCKFLVSD GFLEEKAIVE PLEASKIDLL VVHSENYLNS LKSSATVARI TEVAPVAFFP NFLVQQKVLY PFRKQVGGTI LAAKLATERG WAINIGGGFH 201: HCTAERGGGF CAFADISLCI HFAFLRLRIS RVMIIDLDAH QGNGHETDLG DDNRVYILDM YNPEIYPFDY RARRFIDQKV EVMSGTTTDE YLRKLDEALE 301: VASRNFQPEL VIYNAGTDIL DGDPLGLLKI SPDGITSRDE KVFRFAREKN IPLVMLTSGG YMKSSARVIA DSIENLSRQG LIQTRPE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)