AT5G24930.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : CONSTANS-like 4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
CONSTANS-like 4 (COL4); FUNCTIONS IN: sequence-specific DNA binding transcription factor activity, zinc ion binding; INVOLVED IN: regulation of transcription; LOCATED IN: intracellular, chloroplast; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: CCT domain (InterPro:IPR010402), Zinc finger, B-box (InterPro:IPR000315); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: CONSTANS-like 3 (TAIR:AT2G24790.1); Has 3148 Blast hits to 2480 proteins in 140 species: Archae - 0; Bacteria - 4; Metazoa - 5; Fungi - 0; Plants - 2958; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 181 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:8589325..8590949 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 44677.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 406 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDPTWIDSLT RSCEANSNTN HKRKRERETL KHREKKKKRF RERKMASKLC DSCKSATAAL YCRPDAAFLC LSCDSKVHAA NKLASRHARV WMCEVCEQAP 101: AHVTCKADAA ALCVTCDRDI HSANPLARRH ERVPVTPFYD SVSSDGSVKH TAVNFLDDCY FSDIDGNGSR EEEEEEAASW LLLPNPKTTT TATAGIVAVT 201: SAEEVPGDSP EMNTGQQYLF SDPDPYLDLD YGNVDPKVES LEQNSSGTDG VVPVENRTVR IPTVNENCFE MDFTGGSKGF TYGGGYNCIS HSVSSSSMEV 301: GVVPDGGSVA DVSYPYGGPA TSGADPGTQR AVPLTSAERE ARVMRYREKR KNRKFEKTIR YASRKAYAEM RPRIKGRFAK RTDTNESNDV VGHGGIFSGF 401: GLVPTF |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)