AT5G24590.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : TCV-interacting protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of NAc protein family. Interacts with turnip crinkle virus (TCV) capsid protein. Transcription factor involved in regulating the defense response of Arabidopsis to TCV. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TCV-interacting protein (TIP); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: No apical meristem (NAM) protein (InterPro:IPR003441); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: NAC domain containing protein 62 (TAIR:AT3G49530.1); Has 2952 Blast hits to 2945 proteins in 75 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 0; Fungi - 0; Plants - 2952; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 0 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8416920..8418723 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 50893.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.85 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 451 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKEDMEVLSL ASLPVGFRFS PTDEELVRYY LRLKINGHDN DVRVIREIDI CKWEPWDLPD FSVVKTTDSE WLFFCPLDRK YPSGSRMNRA TVAGYWKATG 101: KDRKIKSGKT KIIGVKRTLV FYTGRAPKGT RTCWIMHEYR ATEKDLDGTK SGQNPFVVCK LFKKQDIVNG AAEPEESKSC EVEPAVSSPT VVDEVEMSEV 201: SPVFPKTEET NPCDVAESSL VIPSECRSGY SVPEVTTTGL DDIDWLSFME FDSPKLFSPL HSQVQSELGS SFNGLQSESS ELFKNHNEDY IQTQYGTNDA 301: DEYMSKFLDS FLDIPYEPEQ IPYEPQNLSS CNKINDESKR GIKIRARRAQ APGCAEQFVM QGDASRRLRL QVNLNSHKSE TDSTQLQFIK KEVKDTTTET 401: MTKGCGNFTR SKSRTSFIFK KIAAMGCSYR GLFRVGVVAV VCVMSVCSLV A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)