AT5G24520.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.977 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Required for the accumulation of purple anthocyanins in leaves and stems. Involved in trichome and root hair development. Controls epidermal cell fate specification. Affects dihydroflavonol 4-reductase gene expression. It is thought that a ternary complex composed of TT2, TT8 and TTG1 is necessary for correct expression of BAN in seed endothelium. Based on clonal analysis and other methonds TTG1 has been shown to act non-cell autonomously and to move via plasmodesmata between cells.Localization and levels of TTG1 affect patterning of leaf trichomes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
TRANSPARENT TESTA GLABRA 1 (TTG1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: WD40 repeat 2 (InterPro:IPR019782), WD40 repeat-like-containing domain (InterPro:IPR011046), WD40 repeat, conserved site (InterPro:IPR019775), WD40-repeat-containing domain (InterPro:IPR017986), WD40/YVTN repeat-like-containing domain (InterPro:IPR015943), WD40 repeat (InterPro:IPR001680), WD40 repeat, subgroup (InterPro:IPR019781); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein (TAIR:AT1G12910.1); Has 6142 Blast hits to 5599 proteins in 374 species: Archae - 8; Bacteria - 429; Metazoa - 2235; Fungi - 1639; Plants - 1018; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 813 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:8371708..8372733 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 37893.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.26 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 341 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MDNSAPDSLS RSETAVTYDS PYPLYAMAFS SLRSSSGHRI AVGSFLEDYN NRIDILSFDS DSMTVKPLPN LSFEHPYPPT KLMFSPPSLR RPSSGDLLAS 101: SGDFLRLWEI NEDSSTVEPI SVLNNSKTSE FCAPLTSFDW NDVEPKRLGT CSIDTTCTIW DIEKSVVETQ LIAHDKEVHD IAWGEARVFA SVSADGSVRI 201: FDLRDKEHST IIYESPQPDT PLLRLAWNKQ DLRYMATILM DSNKVVILDI RSPTMPVAEL ERHQASVNAI AWAPQSCKHI CSGGDDTQAL IWELPTVAGP 301: NGIDPMSVYS AGSEINQLQW SSSQPDWIGI AFANKMQLLR V |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)