AT5G23020.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : 2-isopropylmalate synthase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
methylthioalkymalate synthase-like. Also known as 2-isopropylmalate synthase (IMS2). encodes a methylthioalkylmalate synthase involved in the biosynthesis of aliphatic glucosinolates which accepts all the omega-methylthio-2-oxoalkanoic acids needed to form the known C3 to C8 glucosinolates in Arabidopsis. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
2-isopropylmalate synthase 2 (IMS2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site (InterPro:IPR002034), Pyruvate carboxyltransferase (InterPro:IPR000891); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: methylthioalkylmalate synthase 1 (TAIR:AT5G23010.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7718203..7721634 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55232.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 503 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLLLTSSS MITTSCRSMV LRSGLPIGSS FPSLRLTRPY DKATLFVSCC SAESKKVATS ATDLKPIMER RPEYIPNKLP HKNYVRVLDT TLRDGEQSPG 101: AALTPPQKLE IARQLAKLRV DIMEVGFPVS SEEEFEAIKT IAKTVGNEVD EETGYVPVIC GIARCKKRDI EATWEALKYA KRPRVMLFTS TSEIHMKYKL 201: KKTKEEVIEM AVNSVKYAKS LGFKDIQFGC EDGGRTEKDF ICKILGESIK AGATTVGFAD TVGINMPQEF GELVAYVIEN TPGADDIVFA IHCHNDLGVA 301: TANTISGICA GARQVEVTIN GIGERSGNAP LEEVVMALKC RGESLMDGVY TKIDSRQIMA TSKMVQEHTG MYVQPHKPIV GDNCFVHESG IHQDGILKNR 401: STYEILSPED VGIVKSENSG IVLGKLSGRH AVKDRLKELG YEISDEKFND IFSRYRELTK DKKRITDADL KALVVNGAEI SSEKLNSKGI NDLMSSPQIS 501: AVV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)