AT5G21140.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : embryo defective 1379 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
embryo defective 1379 (emb1379); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Nse1 non-SMC component of SMC5-6 complex (InterPro:IPR011513), Zinc finger, RING-like (InterPro:IPR014857); Has 255 Blast hits to 254 proteins in 123 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 91; Fungi - 105; Plants - 49; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 10 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:7187416..7189521 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35023.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.74 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.62 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 312 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASLSWKHHT LIQALISRGP LKEKEFHSIF TAVTGRNPVT VKKIFDKYLL EINKELSYVH FELKACRDQY DGQVCYGVVN NVADDQSKLG TKYSVPQIAF 101: FKGIIEAIAQ DEAAQGCISS FDALNIRLEN QISSEASSSQ QQVPPAFKNF SMTQKEKTLD ELVRDKWLCR TRERNIGLGI RSLLDLRSWF RNNDVPSCEV 201: CNEAGVKADL CPTEGCPVRI HKYCLKKLLS QRDDKRCSGC GKPWPLSKIT KTEAAEEAMN DEEESETQAT APKAKRRRQQ RDSTENGSSQ ASLASTSGAN 301: TRRVTRSVGH SR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)