AT5G20710.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-galactosidase 7 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-galactosidase 7 (BGAL7); FUNCTIONS IN: beta-galactosidase activity; INVOLVED IN: lactose catabolic process, using glucoside 3-dehydrogenase, carbohydrate metabolic process, lactose catabolic process via UDP-galactose, lactose catabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 12 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, F mature embryo stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 35, conserved site (InterPro:IPR019801), Glycoside hydrolase, family 35 (InterPro:IPR001944), D-galactoside/L-rhamnose binding SUEL lectin (InterPro:IPR000922), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853), Glycoside hydrolase, subgroup, catalytic core (InterPro:IPR013781), Galactose-binding domain-like (InterPro:IPR008979); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-galactosidase 15 (TAIR:AT1G31740.1); Has 2182 Blast hits to 2117 proteins in 479 species: Archae - 16; Bacteria - 866; Metazoa - 388; Fungi - 212; Plants - 616; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 84 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:7010536..7013994 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 92717.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 826 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKMKHFTRLL SLFFILITSL SLAKSTIVSH DERAITINGK RRILLSGSIH YPRSTADMWP DLINKAKDGG LDAIETYVFW NAHEPKRREY DFSGNLDVVR 101: FIKTIQDAGL YSVLRIGPYV CAEWNYGGFP VWLHNMPNMK FRTVNPSFMN EMQNFTTKIV KMMKEEKLFA SQGGPIILAQ IENEYGNVIS SYGAEGKAYI 201: DWCANMANSL DIGVPWLMCQ QPNAPQPMLE TCNGFYCDQY EPTNPSTPKM WTENWTGWFK NWGGKHPYRT AEDLAFSVAR FFQTGGTFQN YYMYHGGTNF 301: GRVAGGPYIT TSYDYHAPLD EFGNLNQPKW GHLKQLHTVL KSMEKSLTYG NISRIDLGNS IKATIYTTKE GSSCFIGNVN ATADALVNFK GKDYHVPAWS 401: VSVLPDCDKE AYNTAKVNTQ TSIMTEDSSK PERLEWTWRP ESAQKMILKG SGDLIAKGLV DQKDVTNDAS DYLWYMTRLH LDKKDPLWSR NMTLRVHSNA 501: HVLHAYVNGK YVGNQFVKDG KFDYRFERKV NHLVHGTNHI SLLSVSVGLQ NYGPFFESGP TGINGPVSLV GYKGEETIEK DLSQHQWDYK IGLNGYNDKL 601: FSIKSVGHQK WANEKLPTGR MLTWYKAKFK APLGKEPVIV DLNGLGKGEA WINGQSIGRY WPSFNSSDDG CKDECDYRGA YGSDKCAFMC GKPTQRWYHV 701: PRSFLNASGH NTITLFEEMG GNPSMVNFKT VVVGTVCARA HEHNKVELSC HNRPISAVKF ASFGNPLGHC GSFAVGTCQG DKDAAKTVAK ECVGKLNCTV 801: NVSSDTFGST LDCGDSPKKL AVELEC |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)