AT5G20510.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : alfin-like 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
AL5 encodes a member of the Alfin-Like family of nuclear-localized PhD domain containing homeodomain proteins. Binds to H3K4 di or trimethylated DNA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
alfin-like 5 (AL5); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, PHD-type, conserved site (InterPro:IPR019786), Protein of unknown function DUF3594 (InterPro:IPR021998), Zinc finger, PHD-type (InterPro:IPR001965), Zinc finger, FYVE/PHD-type (InterPro:IPR011011), Zinc finger, PHD-finger (InterPro:IPR019787); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: alfin-like 3 (TAIR:AT3G42790.1); Has 1720 Blast hits to 1673 proteins in 197 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 749; Fungi - 331; Plants - 537; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 103 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:6939991..6942846 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 29593.30 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.50 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 260 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEGGTAHYSP RTVEEVFRDF KGRRAGIIQA LTTDVEDFFQ QCDPEKQNLC LYGFPNEVWE VNLPAEEVPP ELPEPALGIN FARDGMQERN WLSLVAVHSD 101: AWLLSVSFYF GSRFGFDRAD RKRLFSMINE VPTVYEVVTG NAEKQTKEMP SSANQNGNRS KSNSKMRGLE SKSSKTIHAK DEEEGLELEE GEEEEDEDED 201: EHGETLCGAC GDNYASDEFW ICCDMCEKWF HGECVKITPA RAEHIKHYKC PTCSNKRARP |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)