AT5G20150.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.994 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : SPX domain gene 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SPX domain gene 1 (SPX1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: SPX, N-terminal (InterPro:IPR004331); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: SPX domain gene 2 (TAIR:AT2G26660.1); Has 1126 Blast hits to 1124 proteins in 197 species: Archae - 3; Bacteria - 7; Metazoa - 241; Fungi - 471; Plants - 313; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 91 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:6802429..6803367 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 30074.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.69 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.43 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 256 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MKFGKSLSNQ IEQTLPEWQD KFLSYKELKK RLKLIGSKTA DRPVKRLRLD EFSVGISKEE INFIQLLEDE LEKFNNFFVE KEEEYIIRLK EFRDRIAKAK 101: DSMEKMIKIR KEIVDFHGEM VLLENYSALN YTGLVKILKK YDKRTGDLMR LPFIQKVLQQ PFYTTDLLFK LVKESEAMLD QIFPANETES EIIQAELSEH 201: KFMESLHMKS TIAALRVLKE IRSGSSTVSV FSLPPLQLNG LDETWKKIPL LEQEAK |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)