AT5G17020.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.880 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : exportin 1A | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a member of the exportin protein family (XPO1A) which functions as receptors for nuclear export. Binds to a variety of proteins having leucine rich export signals.Along with XPO1B involved with development of the male and female gametophytes. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
exportin 1A (XPO1A); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Importin-beta, N-terminal (InterPro:IPR001494), Exportin 1, C-terminal (InterPro:IPR014877), Armadillo-like helical (InterPro:IPR011989), Exportin-1/Importin-beta-like (InterPro:IPR013598), Armadillo-type fold (InterPro:IPR016024); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: exportin 1B (TAIR:AT3G03110.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5594904..5602467 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 121474.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.09 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 1060 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
0001: MAAEKLRDLS QPIDVGVLDA TVAAFFVTGS KEERAAADQI LRDLQANPDM WLQVVHILQN TNSLDTKFFA LQVLEGVIKY RWNALPVEQR DGMKNYISEV 0101: IVQLSSNEAS FRSERLYVNK LNVILVQIVK HDWPAKWTSF IPDLVAAAKT SETICENCMA ILKLLSEEVF DFSRGEMTQQ KIKELKQSLN SEFKLIHELC 0201: LYVLSASQRQ DLIRATLSAL HAYLSWIPLG YIFESTLLET LLKFFPVPAY RNLTIQCLTE VAALNFGDFY NVQYVKMYTI FIGQLRIILP PSTKIPEAYS 0301: SGSGEEQFHI RVLESTPEVV SLLLAGLEYL INISYVDDTE VFKVCLDYWN SLVLELFDAH HNSDNPAVSA SLMGLQPFLP GMVDGLGSQV MQRRQLYSHP 0401: MSKLRGLMIN RMAKPEEVLI VEDENGNIVR ETMKDNDVLV QYKIMRETLI YLSHLDHDDT EKQMLRKLNK QLSGEEWAWN NLNTLCWAIG SISGSMAEDQ 0501: ENRFLVMVIR DLLNLCEITK GKDNKAVIAS NIMYVVGQYP RFLRAHWKFL KTVVNKLFEF MHETHPGVQD MACDTFLKIV QKCKRKFVIV QVGENEPFVS 0601: ELLTGLATTV QDLEPHQIHS FYESVGNMIQ AESDPQKRDE YLQRLMALPN QKWAEIIGQA RHSVEFLKDQ VVIRTVLNIL QTNTSAATSL GTYFLSQISL 0701: IFLDMLNVYR MYSELVSTNI TEGGPYASKT SFVKLLRSVK RETLKLIETF LDKAEDQPHI GKQFVPPMME SVLGDYARNV PDARESEVLS LFATIINKYK 0801: ATMLDDVPHI FEAVFQCTLE MITKNFEDYP EHRLKFFSLL RAIATFCFPA LIKLSSPQLK LVMDSIIWAF RHTERNIAET GLNLLLEMLK NFQQSEFCNQ 0901: FYRSYFMQIE QEIFAVLTDT FHKPGFKLHV LVLQQLFCLP ESGALTEPLW DATTVPYPYP DNVAFVREYT IKLLSSSFPN MTAAEVTQFV NGLYESRNDP 1001: SGFKNNIRDF LVQSKEFSAQ DNKDLYAEEA AAQRERERQR MLSIPGLIAP NEIQDEMVDS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)