AT5G16440.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : isopentenyl diphosphate isomerase 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a protein with isopentenyl diphosphate:dimethylallyl diphosphate isomerase activity. There is genetic evidence that it functions in the mevalonate, but not the MEP biosynthetic pathway. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
isopentenyl diphosphate isomerase 1 (IPP1); FUNCTIONS IN: isopentenyl-diphosphate delta-isomerase activity; INVOLVED IN: chlorophyll biosynthetic process, isoprenoid biosynthetic process, isopentenyl diphosphate biosynthetic process; LOCATED IN: cytosol, chloroplast, plastid; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: NUDIX hydrolase domain-like (InterPro:IPR015797), NUDIX hydrolase domain (InterPro:IPR000086), Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1 (InterPro:IPR011876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: isopentenyl pyrophosphate:dimethylallyl pyrophosphate isomerase 2 (TAIR:AT3G02780.1); Has 2226 Blast hits to 2225 proteins in 801 species: Archae - 35; Bacteria - 1199; Metazoa - 210; Fungi - 137; Plants - 180; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 465 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5371765..5373575 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 33215.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.89 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 291 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSTASLFSFP SFHLRSLLPS LSSSSSSSSS RFAPPRLSPI RSPAPRTQLS VRAFSAVTMT DSNDAGMDAV QRRLMFEDEC ILVDENDRVV GHDTKYNCHL 101: MEKIEAENLL HRAFSVFLFN SKYELLLQQR SKTKVTFPLV WTNTCCSHPL YRESELIEEN VLGVRNAAQR KLFDELGIVA EDVPVDEFTP LGRMLYKAPS 201: DGKWGEHEVD YLLFIVRDVK LQPNPDEVAE IKYVSREELK ELVKKADAGD EAVKLSPWFR LVVDNFLMKW WDHVEKGTIT EAADMKTIHK L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)