AT5G16230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Plant stearoyl-acyl-carrier-protein desaturase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Plant stearoyl-acyl-carrier-protein desaturase family protein; FUNCTIONS IN: acyl-[acyl-carrier-protein] desaturase activity, oxidoreductase activity, transition metal ion binding; INVOLVED IN: oxidation reduction, fatty acid metabolic process, fatty acid biosynthetic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribonucleotide reductase-related (InterPro:IPR012348), Ferritin/ribonucleotide reductase-like (InterPro:IPR009078), Fatty acid desaturase, type 2 (InterPro:IPR005067); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Plant stearoyl-acyl-carrier-protein desaturase family protein (TAIR:AT3G02610.1); Has 1807 Blast hits to 1807 proteins in 277 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 736; Fungi - 347; Plants - 385; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 339 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:5303394..5305944 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 45862.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 401 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSMALLLTSP AMKQKPAVIT SPRRGSSPSR RLRVSCVTTN PARKKNETCN HFRPIKEVNN QLTHTIPQEK LEIFKSMENW AEQKLLPYLK PVEDSWQPQD 101: FLPAPENDDE FYDRVKEIRE RTKEIPDDYF VVLVGDMITE EALPTYQTTL NTLDGVKDET GGSLSPWAVW IRAWTAEENR HGDLLNKYLY LTGRVDMRHV 201: EKTIQYLIGS GMDSKFENNP YNGFIYTSFQ ERATFISHGN TARLATTYGD VTLAKICGTI AADEKRHETA YTKIVEKLFE IDPDGSVQAL ASMMKKRITM 301: PAHLMHDGRD NDLFDHYAAV AQRIGVYTAA DYAGILEFLL RRWKVESLGL GLSGEGRRAQ EYLCTLPQRI KRLEERANDR VKLVSKPSVS FSWVFGRDVK 401: L |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)