AT5G15100.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.859 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Auxin efflux carrier family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
PIN-FORMED 8 (PIN8); FUNCTIONS IN: auxin:hydrogen symporter activity, transporter activity; INVOLVED IN: auxin polar transport, transmembrane transport; LOCATED IN: endomembrane system, integral to membrane; EXPRESSED IN: 9 plant structures; EXPRESSED DURING: 6 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Auxin efflux carrier, subgroup (InterPro:IPR014024), Auxin efflux carrier (InterPro:IPR004776); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Auxin efflux carrier family protein (TAIR:AT5G16530.1); Has 2836 Blast hits to 2583 proteins in 784 species: Archae - 43; Bacteria - 1603; Metazoa - 103; Fungi - 0; Plants - 634; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 453 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4892159..4893937 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 40504.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.88 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 367 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MISWLDIYHV VSATVPLYVS MTLGFLSARH LKLFSPEQCA GINKFVAKFS IPLLSFQIIS ENNPFKMSPK LILSDILQKF LVVVVLAMVL RFWHPTGGRG 101: GKLGWVITGL SISVLPNTLI LGMPILSAIY GDEAASILEQ IVVLQSLIWY TILLFLFELN AARALPSSGA SLEHTGNDQE EANIEDEPKE EEDEEEVAIV 201: RTRSVGTMKI LLKAWRKLII NPNTYATLIG IIWATLHFRL GWNLPEMIDK SIHLLSDGGL GMAMFSLGLF MASQSSIIAC GTKMAIITML LKFVLGPALM 301: IASAYCIRLK STLFKVAILQ AALPQGVVPF VFAKEYNLHP EIISTGVIFG MLIALPTTLA YYFLLDL |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)