AT5G14220.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.500 plastid 0.500 ASURE: mitochondrion,plastid What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Flavin containing amine oxidoreductase family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes PPO2, a putative protoporphyrinogen oxidase based on sequence homology. Also known as MEE61 (maternal effect embryo arrest 61). mee61 mutant shows arrested endosperm development. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
HEMG2; FUNCTIONS IN: oxygen-dependent protoporphyrinogen oxidase activity; INVOLVED IN: porphyrin biosynthetic process, embryo development ending in seed dormancy; LOCATED IN: mitochondrion, chloroplast, plastid, chloroplast envelope; EXPRESSED IN: 25 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Amine oxidase (InterPro:IPR002937), Adrenodoxin reductase (InterPro:IPR000759), Protoporphyrinogen oxidase (InterPro:IPR004572); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Flavin containing amine oxidoreductase family (TAIR:AT4G01690.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:4583506..4587369 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55633.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.42 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.30 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 508 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASGAVADHQ IEAVSGKRVA VVGAGVSGLA AAYKLKSRGL NVTVFEADGR VGGKLRSVMQ NGLIWDEGAN TMTEAEPEVG SLLDDLGLRE KQQFPISQKK 101: RYIVRNGVPV MLPTNPIELV TSSVLSTQSK FQILLEPFLW KKKSSKVSDA SAEESVSEFF QRHFGQEVVD YLIDPFVGGT SAADPDSLSM KHSFPDLWNV 201: EKSFGSIIVG AIRTKFAAKG GKSRDTKSSP GTKKGSRGSF SFKGGMQILP DTLCKSLSHD EINLDSKVLS LSYNSGSRQE NWSLSCVSHN ETQRQNPHYD 301: AVIMTAPLCN VKEMKVMKGG QPFQLNFLPE INYMPLSVLI TTFTKEKVKR PLEGFGVLIP SKEQKHGFKT LGTLFSSMMF PDRSPSDVHL YTTFIGGSRN 401: QELAKASTDE LKQVVTSDLQ RLLGVEGEPV SVNHYYWRKA FPLYDSSYDS VMEAIDKMEN DLPGFFYAGN HRGGLSVGKS IASGCKAADL VISYLESCSN 501: DKKPNDSL |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)