AT5G11300.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : mitotic-like cyclin 3B from Arabidopsis | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
mitotic-like cyclin, core cell cycle gene that is expressed only in roots (RT_PCR), portions with mitotic activity only (whole mount in situ). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
mitotic-like cyclin 3B from Arabidopsis (CYC3B); FUNCTIONS IN: cyclin-dependent protein kinase regulator activity; INVOLVED IN: regulation of cell cycle; LOCATED IN: nucleus, chloroplast; EXPRESSED IN: 18 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cyclin, C-terminal (InterPro:IPR004367), Cyclin (InterPro:IPR006670), G2/mitotic-specific cyclin A (InterPro:IPR015453), Cyclin-like (InterPro:IPR011028), Cyclin-related (InterPro:IPR013763), Cyclin, N-terminal (InterPro:IPR006671), Cyclin, A/B/D/E (InterPro:IPR014400); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cyclin a2;1 (TAIR:AT5G25380.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3601811..3604466 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 49696.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.78 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.31 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 436 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MYCSSSMHPN ANKENISTSD VQESFVRITR SRAKKAMGRG VSIPPTKPSF KQQKRRAVLK DVSNTSADII YSELRKGGNI KANRKCLKEP KKAAKEGANS 101: AMDILVDMHT EKSKLAEDLS KIRMAEAQDV SLSNFKDEEI TEQQEDGSGV MELLQVVDID SNVEDPQCCS LYAADIYDNI HVAELQQRPL ANYMELVQRD 201: IDPDMRKILI DWLVEVSDDY KLVPDTLYLT VNLIDRFLSN SYIERQRLQL LGVSCMLIAS KYEELSAPGV EEFCFITANT YTRPEVLSME IQILNFVHFR 301: LSVPTTKTFL RRFIKAAQAS YKVPFIELEY LANYLAELTL VEYSFLRFLP SLIAASAVFL ARWTLDQTDH PWNPTLQHYT RYEVAELKNT VLAMEDLQLN 401: TSGCTLAATR EKYNQPKFKS VAKLTSPKRV TSLFSR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)