AT5G11200.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.989 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DEAD/DEAH box RNA helicase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DEAD/DEAH box RNA helicase family protein ; FUNCTIONS IN: helicase activity, nucleic acid binding, ATP binding, ATP-dependent helicase activity; INVOLVED IN: biological_process unknown; EXPRESSED IN: male gametophyte, guard cell, pollen tube; EXPRESSED DURING: M germinated pollen stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: DNA/RNA helicase, DEAD/DEAH box type, N-terminal (InterPro:IPR011545), RNA helicase, DEAD-box type, Q motif (InterPro:IPR014014), DEAD-like helicase, N-terminal (InterPro:IPR014001), DNA/RNA helicase, C-terminal (InterPro:IPR001650), Helicase, superfamily 1/2, ATP-binding domain (InterPro:IPR014021); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DEAD/DEAH box RNA helicase family protein (TAIR:AT5G11170.1); Has 53691 Blast hits to 42377 proteins in 3051 species: Archae - 965; Bacteria - 28515; Metazoa - 7537; Fungi - 5428; Plants - 3340; Viruses - 56; Other Eukaryotes - 7850 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:3567389..3570686 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 55467.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 486 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGDARDNEAY EEELLDYEEE DEKVPDSGNK VNGEAVKKGY VGIHSSGFRD FLLKPELLRA IVDSGFEHPS EVQHECIPQA ILGMDVICQA KSGMGKTAVF 101: VLSTLQQIEP SPGQVSALVL CHTRELAYQI CNEFVRFSTY LPDTKVSVFY GGVNIKIHKD LLKNECPHIV VGTPGRVLAL AREKDLSLKN VRHFILDECD 201: KMLESLDMRR DVQEIFKMTP HDKQVMMFSA TLSKEIRPVC KKFMQDFLEN ETVSVRLFSF GVENSEWRLC SFGFIVLVWV SMFRAILMFH SKTHIFEEKR 301: WTRISPMEIY VDDEAKLTLH GLVQHYIKLS EMEKNRKLND LLDALDFNQV VIFVKSVSRA AELNKLLVEC NFPSICIHSG MSQEERLTRY KSFKEGHKRI 401: LVATDLVGRG IDIERVNIVI NYDMPDSADT YLHRVGRAGR FGTKGLAITF VASASDSEVL NQVQERFEVD IKELPEQIDT STYMPS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)