AT5G10540.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Zincin-like metalloproteases family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Zincin-like metalloproteases family protein; FUNCTIONS IN: metalloendopeptidase activity; INVOLVED IN: response to cadmium ion, proteolysis; LOCATED IN: cytosol, apoplast, chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Peptidase M3A/M3B, thimet/oligopeptidase F (InterPro:IPR001567); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Zincin-like metalloproteases family protein (TAIR:AT5G65620.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:3328119..3332462 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 79048.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.34 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.37 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 701 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASEDTLSSN PLLQNFDFPP FDSVDAHHVR PGIRALLQQL EAELEQLEKA VEPSWPKLVE PLEKIIDRLS VVWGMINHLK AVKDTPELRA AIEEVQPEKV 101: KFQLRLGQSK PIYNAFKAIR ESPDWNSLSE ARQRLVEAQI KEAVLSGIAL EDDKREEFNK IEQELEKLSH KFSENVLDAT KKFEKLITDK KEIEGLPPSA 201: LGLFAQAAVS KGHETATADT GPWLITLDAP SYLPVMQHAK NRALREEVYR AYLSRASSGD LDNTAIIDQI LKLRLEKAKL LGYRNYAEVS MATKMATVEK 301: ADELLEKLRS ASWDPAVQDI EDLKSFAKNQ GAAEADSLTH WDITFWSERL RESKYDINEE ELRPYFSLPK VMDALFGLAK TLFGIDVVPA DGVAPVWNSD 401: VRFYCVKDSS GNPTAYFYFD PYSRPSEKRD GAWMDEVFSR SRVMAQKGSS VRLPVAQMVC NQTPPVGDKP SLMTFREVET VFHEFGHALQ HMLTKEDEGL 501: VAGIRNIEWD AVELPSQFME NWCYHRDTLM SIAKHYQTGE TLPENVYKKL LAARTFRAGS LSLRQLKFAT VDLELHTKYM PGGAETIYEV DQRVSIKTQV 601: IPPLPEDRFL CSFSHIFAGG YAAGYYSYKW AEVLSADAFS AFEDAGLDDI KAVKETGQRF RNTILALGGG KAPLKVFVEF RGREPSPEPL LRHNGLLAAS 701: A |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)