AT5G09730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:extracellular 1.000 ASURE: extracellular What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : beta-xylosidase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a protein similar to a beta-xylosidase located in the extracellular matrix. This is a member of glycosyl hydrolase family 3 and has six other closely related members. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
beta-xylosidase 3 (BXL3); FUNCTIONS IN: hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds; INVOLVED IN: carbohydrate metabolic process; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 8 plant structures; EXPRESSED DURING: 4 anthesis, C globular stage, petal differentiation and expansion stage; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal (InterPro:IPR001764), Glycoside hydrolase, family 3, C-terminal (InterPro:IPR002772), Glycoside hydrolase, catalytic core (InterPro:IPR017853); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: beta-D-xylosidase 4 (TAIR:AT5G64570.1); Has 9260 Blast hits to 8072 proteins in 1198 species: Archae - 63; Bacteria - 5600; Metazoa - 16; Fungi - 1569; Plants - 515; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 1497 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:3015319..3018226 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 83226.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.48 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.11 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 773 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MASRNRALFS VSTLFLCFIV CISEQSNNQS SPVFACDVTG NPSLAGLRFC NAGLSIKARV TDLVGRLTLE EKIGFLTSKA IGVSRLGIPS YKWWSEALHG 101: VSNVGGGSRF TGQVPGATSF PQVILTAASF NVSLFQAIGK VVSTEARAMY NVGSAGLTFW SPNVNIFRDP RWGRGQETPG EDPTLSSKYA VAYVKGLQET 201: DGGDPNRLKV AACCKHYTAY DIDNWRNVNR LTFNAVVNQQ DLADTFQPPF KSCVVDGHVA SVMCSYNQVN GKPTCADPDL LSGVIRGQWQ LNGYIVSDCD 301: SVDVLFRKQH YAKTPEEAVA KSLLAGLDLN CDHFNGQHAM GAVKAGLVNE TAIDKAISNN FATLMRLGFF DGDPKKQLYG GLGPKDVCTA DNQELARDGA 401: RQGIVLLKNS AGSLPLSPSA IKTLAVIGPN ANATETMIGN YHGVPCKYTT PLQGLAETVS STYQLGCNVA CVDADIGSAV DLAASADAVV LVVGADQSIE 501: REGHDRVDLY LPGKQQELVT RVAMAARGPV VLVIMSGGGF DITFAKNDKK ITSIMWVGYP GEAGGLAIAD VIFGRHNPSG NLPMTWYPQS YVEKVPMSNM 601: NMRPDKSKGY PGRSYRFYTG ETVYAFADAL TYTKFDHQLI KAPRLVSLSL DENHPCRSSE CQSLDAIGPH CENAVEGGSD FEVHLNVKNT GDRAGSHTVF 701: LFTTSPQVHG SPIKQLLGFE KIRLGKSEEA VVRFNVNVCK DLSVVDETGK RKIALGHHLL HVGSLKHSLN ISV |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)