AT5G09660.4
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:mitochondrion 0.977 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : peroxisomal NAD-malate dehydrogenase 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
encodes a microbody NAD-dependent malate dehydrogenase encodes an peroxisomal NAD-malate dehydrogenase that is involved in fatty acid beta-oxidation through providing NAD to the process of converting fatty acyl CoA to acetyl CoA. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
peroxisomal NAD-malate dehydrogenase 2 (PMDH2); FUNCTIONS IN: malate dehydrogenase activity; INVOLVED IN: regulation of fatty acid beta-oxidation, regulation of photorespiration; LOCATED IN: apoplast, chloroplast, peroxisome, microbody; EXPRESSED IN: 22 plant structures; EXPRESSED DURING: 14 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Lactate/malate dehydrogenase, C-terminal (InterPro:IPR022383), Malate dehydrogenase, NAD-dependent, eukaryote/gamma proteobacteria (InterPro:IPR010097), NAD(P)-binding domain (InterPro:IPR016040), L-lactate/malate dehydrogenase (InterPro:IPR001557), Lactate/malate dehydrogenase, N-terminal (InterPro:IPR001236), Malate dehydrogenase, active site (InterPro:IPR001252), Lactate dehydrogenase/glycoside hydrolase, family 4, C-terminal (InterPro:IPR015955); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: peroxisomal NAD-malate dehydrogenase 1 (TAIR:AT2G22780.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2993691..2995551 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 38741.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.29 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | 0.03 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 363 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEFRGDANQR IARISAHLTP QMEAKNSVIG RENCRAKGGN PGFKVAILGA AGGIGQSLSL LMKMNPLVSL LHLYDVVNAP GVTADVSHMD TGAVVRGFLG 101: AKQLEDALTG MDLVIIPAGI PRKPGMTRDD LFKINAGIVK TLCEGVAKCC PNAIVNLISN PVNSTVPIAA EVFKKAGTYD PKKLLGVTTL DVARANTFVA 201: EVLGLDPREV DVPVVGGHAG VTILPLLSQV KPPSSFTPQE IEYLTNRIQN GGTEVVEAKA GAGSATLSMA YAAAKFADAC LRGLRGDANV VECSFVASQV 301: NLENSFTLFH CFNGFNLKWQ LTTGDRISFL CNKSAPWPYR SRGSVSAWTL KRIRKDWSGE SKR |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)