AT5G09250.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : ssDNA-binding transcriptional regulator | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
putative transcriptional co-activator (KIWI) mRNA, complete | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
KIWI; FUNCTIONS IN: protein binding, transcription coactivator activity, DNA binding; INVOLVED IN: regulation of transcription, DNA-dependent; LOCATED IN: cellular_component unknown; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Transcriptional coactivator p15 (InterPro:IPR003173), ssDNA-binding transcriptional regulator (InterPro:IPR009044); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: ssDNA-binding transcriptional regulator (TAIR:AT5G09240.1); Has 436 Blast hits to 424 proteins in 160 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 177; Fungi - 115; Plants - 101; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 43 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2875421..2876368 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 12084.00 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.99 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 107 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MSSRGKRKDE DVRASDDESE THAPAKKVAK PADDSDQSDD IVVCNISKNR RVSVRNWNGK IWIDIREFYV KDGKTLPGKK GISLSVDQWN TLRNHAEDIE 101: KALSDLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)