AT5G08730.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 0.999 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : IBR domain-containing protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
ARIADNE 16 (ARI16); FUNCTIONS IN: zinc ion binding, nucleic acid binding; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: intracellular; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, RING-type (InterPro:IPR001841), Zinc finger, C6HC-type (InterPro:IPR002867), Zinc finger, CCHC-type (InterPro:IPR001878), Zinc finger, RanBP2-type (InterPro:IPR001876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: IBR domain-containing protein (TAIR:AT5G63730.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2845824..2847415 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 56634.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.77 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.38 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 500 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEADGQKYSV LAKTQVREKM MKEIEQISEV FLVSKSDATV ILIRLGWNSF KASDLLGDNK EKFLAKLGLA RVLNSNSSSA DRETGDGDYL VSTPFCSHKF 101: STTCWSEYLS DALKKNKEQR GLISCLSQDC VASVGPDTIE QLTEPVKEMY ENYILESFME CHKATIKWCP ASGCEYAVEL QEDGNEDNVI SVVCLCGHTF 201: CWTCGLESHR PVSCKKASIW WTYLLDQSRS ISWIHTNTKS CPKCKIPVQQ NGDPNYRLIN CICSNNFCWI CLRTEEQHQG NWNCSPVAVP AAGPSTVEFS 301: QILHLNLWEA GHEALKKAKS KLRALEEKII PKLIENCGAT ELDIRTVREA GMLSVQCRQV LKWSCVFDYS IIEYESTKKQ YLKHLRALAS TMLCMHEGKL 401: DELIHLALSP EDFTNYKHKL EISTTCTGNH FDGFIKELED GKPEVKADGY ENEPGSRWFC DRCTFENSWV DKQCKMCFFP LDYHPSPQVA AAPEDLGKSE |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)