AT5G08415.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plastid 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Radical SAM superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Radical SAM superfamily protein; FUNCTIONS IN: 4 iron, 4 sulfur cluster binding, lipoic acid synthase activity, iron-sulfur cluster binding, lipoate synthase activity, catalytic activity; INVOLVED IN: lipoic acid biosynthetic process, lipoate biosynthetic process, metabolic process; LOCATED IN: chloroplast; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 15 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Aldolase-type TIM barrel (InterPro:IPR013785), Lipoate synthase (InterPro:IPR003698), Elongator protein 3/MiaB/NifB (InterPro:IPR006638), Radical SAM (InterPro:IPR007197); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2710983..2713101 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43624.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.97 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.41 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 394 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMHHCSITKP TFSISISTQK LHHHSSKFLN LGFRIRCESG DVSSPLRTKA VSLSSEMEDS SSLKKSLMEL EGKKSEPYPG GMPKMGPFTG RDPNVKKPAW 101: LRQKAPQGER FQEVKESLSR LNLNTVCEEA QCPNIGECWN GGGDGVATAT IMVLGDTCTR GCRFCAVKTS RNPPPPDPME PENTAKAIAS WGVDYIVITS 201: VDRDDIPDGG SGHFAQTVKA MKRHKPDIMI ECLTSDFRGD LEAVDTLVHS GLDVFAHNVE TVKRLQRLVR DPRAGYEQSM SVLKHAKISK PGMITKTSIM 301: LGLGETDEEL KEAMADLRAI DVDILTLGQY LQPTPLHLTV KEYVTPEKFD FWKTYGESIG FRYVASGPLV RSSYRAGELF VKTMVKESYS KSLS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)