AT5G08170.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : porphyromonas-type peptidyl-arginine deiminase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
EMBRYO DEFECTIVE 1873 (EMB1873); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Agmatine deiminase (InterPro:IPR017754), Peptidyl-arginine deiminase, Porphyromonas-type (InterPro:IPR007466); Has 2547 Blast hits to 2545 proteins in 784 species: Archae - 10; Bacteria - 1723; Metazoa - 8; Fungi - 32; Plants - 53; Viruses - 9; Other Eukaryotes - 712 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:2628663..2631047 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 43157.70 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 4.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 383 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEESRESPAE HGYYMPAEWD SHAQTWIGWP ERQDNWRHNA LPAQRVFADV AKAISKFEPV TVCASPAQWE NARKQLPEDI RVVEMSMNDS WFRDSGPTFI 101: VRKRPVKLSS LNRNIAGIDW NFNAWGGAND GCYNDWSHDL LVSRKILALE RIPRFQHSMI LEGGSIHVDG EGTCLVTEEC LLNKNRNPHM SKEQIEEELK 201: KYLGVQSFIW LPRGLYGDED TNGHIDNMCC FARPGVVLLS WTDDETDPQY ERSVEALSVL SNSIDARGRK IQVIKLYIPE PLYMTEEESS GITQDGEAIP 301: RLAGTRLAAS YVNFYIANGG IIAPQFGDPI RDKEAIRVLS DTFPHHSVVG IENAREIVLA GGNIHCITQQ QPAEPTSVAE NGH |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)