AT5G08080.3
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.957 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : syntaxin of plants 132 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
member of SYP13 Gene Family | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
syntaxin of plants 132 (SYP132); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Target SNARE coiled-coil domain (InterPro:IPR000727), t-SNARE (InterPro:IPR010989), Syntaxin/epimorphin, conserved site (InterPro:IPR006012), Syntaxin, N-terminal (InterPro:IPR006011); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: syntaxin of plants 131 (TAIR:AT3G03800.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2588532..2591106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 35404.50 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 5.92 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.52 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 315 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MNDLLKGSFE LPRGQSSREG DVELGEQQGG DQGLEDFFKK VQVIDKQYDK LDKLLKKLQI YDSVASQLPC ASHEESKSVT KAPAMKAIKK TMEKDVDEVG 101: SIARFIKGKL EELDRENLAN RQKPGCAKGS GVDRSRTATT LSLKKKLKDK MAEFQVLREN IQQEYRDVVD RRVYTVTGER ADEDTIDELI ETGNSEQIFQ 201: KAIQEQGRGQ VMDTLAEIQE RHDAVRDLEK KLLDLQQIFL DMAVLVDAQG EMLDNIESQV SSAVDHVQSG NTALQRAKSL QKNSRKWMCI AIIILLIVVA 301: VIVVGVLKPW KNKSA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)