AT5G07090.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 0.957 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Ribosomal protein S4 (RPS4A) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
Ribosomal protein S4 (RPS4A) family protein; FUNCTIONS IN: structural constituent of ribosome, protein binding; INVOLVED IN: translation; LOCATED IN: cytosolic small ribosomal subunit, cytosolic ribosome, plasma membrane; EXPRESSED IN: 24 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Ribosomal protein S4e, central (InterPro:IPR013845), KOW (InterPro:IPR005824), RNA-binding S4 (InterPro:IPR002942), Ribosomal protein S4e, N-terminal (InterPro:IPR013843), Ribosomal protein S4e (InterPro:IPR000876); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Ribosomal protein S4 (RPS4A) family protein (TAIR:AT5G58420.1); Has 1386 Blast hits to 1386 proteins in 448 species: Archae - 256; Bacteria - 2; Metazoa - 428; Fungi - 188; Plants - 271; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 241 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:2202783..2203805 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 27708.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 10.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 244 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLDKLGGAFA PKPSSGPHKS RECLPLVLII RNRLKYALTY REVISILMQR HIQVDGKVRT DKTYPAGFMD VVSIPKTNEN FRLLYDTKGR FRLHSIKDEE 101: AKFKLCKVRS IQFGQKGIPY LNTYDGRTIR YPDPLIKPND TIKLDLEENK IVEFIKFDVG NVVMVTGGRN RGRVGVIKNR EKHKGSFETI HIQDSTGHEF 201: ATRLGNVYTI GKGTKPWVSL PKGKGIKLTI IEEARKRLAS QQAA |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)