AT5G06070.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 ASURE: nucleus What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : C2H2 and C2HC zinc fingers superfamily protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Isolated as a mutation defective in petal development with specific effects on adaxial petals which are filamentous or absent. Encodes a Superman (SUP) like protein with zinc finger motifs. Transcript is detected in petal primordia and protein is localized to the nucleus. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
RABBIT EARS (RBE); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Zinc finger, C2H2-like (InterPro:IPR015880), Zinc finger, C2H2-type (InterPro:IPR007087); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: zinc-finger protein 10 (TAIR:AT2G37740.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1828426..1829106 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 25339.10 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 7.83 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 226 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MMDRGECLMS MKLRPMVTRP SSDGTLFWPF REERAFASAE EYGGGGGCMW PPRSYSCSFC GREFKSAQAL GGHMNVHRRD RARLKQQSLS PSSTDQATPP 101: ECDRQQQVLD VGSKVLVQEE TRKPNGTKRE ISDVCNNNVL ESSMKRYEHD NGEVKTDLSV GLLSTEFDPR KKQLINGSSS SWKRAKTDVS RFPMMLGLVI 201: GISEINGHHE ELDLELRLGA DPPKVN |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)