AT5G05980.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:cytosol 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : DHFS-FPGS homolog B | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
DHFS-FPGS homolog B (DFB); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Folylpolyglutamate synthetase, conserved site (InterPro:IPR018109), Mur ligase, central (InterPro:IPR013221), Mur ligase, C-terminal (InterPro:IPR004101), Folylpolyglutamate synthetase (InterPro:IPR001645); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: DHFS-FPGS homolog D (TAIR:AT3G55630.3); Has 7626 Blast hits to 7624 proteins in 2505 species: Archae - 43; Bacteria - 4775; Metazoa - 165; Fungi - 350; Plants - 132; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2161 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1799738..1804441 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 63348.90 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.51 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 571 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MFAVSIVPRT TSCRLSSAFL CQLSIPLTLR LHHHYQHHQP HLPSPLSFQI HSLRKQIDMA AQGGDSYEEA LAALSSLITK RSRADKSNKG DRFELVFDYL 101: KLLDLEEDIL KMNVIHVAGT KGKGSTCTFT ESIIRNYGFR TGLFTSPHLI DVRERFRLDG VDISEEKFLG YFWWCYNRLK ERTNEEIPMP TYFRFLALLA 201: FKIFAAEEVD AAILEVGLGG KFDATNAVQK PVVCGISSLG YDHMEILGDT LGKIAGEKAG IFKLGVPAFT VPQPDEAMRV LEEKASETEV NLEVVQPLTA 301: RLLSGQKLGL DGEHQYVNAG LAVSLASIWL QQIGKLEVPS RTQMSILPEK FIKGLATASL QGRAQVVPDQ YTESRTSGDL VFYLDGAHSP ESMEACAKWF 401: SVAVKGDNQS GSSGHLVNGS AGSSHDKWSN ETCEQILLFN CMSVRDPNLL LPHLKNMCAK YGVNFKKALF VPNMSVYHKV GTAADLPEND PQVDLSWQFT 501: LQKVWESLVQ SERDGEKDGE SDGNSEVFTS LPMAIKCLRD TVHESSSATR FQVLVTGSLH LVGDVLRLIR K |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)