AT5G05490.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:nucleus 1.000 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Rad21/Rec8-like family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes a RAD21-like gene essential for meiosis. Encodes a 627 a.a. protein that is slightly longer in the N-terminus than SYN1 BP5. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
SYNAPTIC 1 (SYN1); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Rad21/Rec8 like protein, C-terminal (InterPro:IPR006909), Rad21/Rec8 like protein, N-terminal (InterPro:IPR006910); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: sister chromatid cohesion 1 protein 4 (TAIR:AT5G16270.1); Has 648 Blast hits to 629 proteins in 171 species: Archae - 0; Bacteria - 0; Metazoa - 226; Fungi - 209; Plants - 165; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 48 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1624325..1629144 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 71231.80 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.80 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 627 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLRLESLIVT VWGPATLLAR KAPLGQIWMA ATLHAKINRK KLDKLDIIQI CEEILNPSVP MALRLSGILM GGVVIVYERK VKLLFDDVNR FLVEINGAWR 101: TKSVPDPTLL PKGKTHARKE AVTLPENEEA DFGDFEQTRN VPKFGNYMDF QQTFISMRLD ESHVNNNPEP EDLGQQFHQA DAENITLFEY HGSFQTNNET 201: YDRFERFDIE GDDETQMNSN PREGAEIPTT LIPSPPRHHD IPEGVNPTSP QRQEQQENRR DGFAEQMEEQ NIPDKEEHDR PQPAKKRARK TATSAMDYEQ 301: TIIAGHVYQS WLQDTSDILC RGEKRKVRGT IRPDMESFKR ANMPPTQLFE KDSSYPPQLY QLWSKNTQVL QTSSSESRHP DLRAEQSPGF VQERMHNHHQ 401: TDHHERSDTS SQNLDSPAEI LRTVRTGKGA SVESMMAGSR ASPETINRQA ADINVTPFYS GDDVRSMPST PSARGAASIN NIEISSKSRM PNRKRPNSSP 501: RRGLEPVAEE RPWEHREYEF EFSMLPEKRF TADKEILFET ASTQTQKPVC NQSDEMITDS IKSHLKTHFE TPGAPQVESL NKLAVGMDRN AAAKLFFQSC 601: VLATRGVIKV NQAEPYGDIL IARGPNM |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)