AT5G05260.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.990 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : cytochrome p450 79a2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Encodes cytochrome P450 CYP79A2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
cytochrome p450 79a2 (CYP79A2); CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Cytochrome P450 (InterPro:IPR001128), Cytochrome P450, E-class, group I (InterPro:IPR002401), Cytochrome P450, conserved site (InterPro:IPR017972); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: cytochrome P450, family 79, subfamily A, polypeptide 3 pseudogene (TAIR:AT5G35917.1); Has 30201 Blast hits to 17322 proteins in 780 species: Archae - 12; Bacteria - 1396; Metazoa - 17338; Fungi - 3422; Plants - 5037; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 2996 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1559778..1561765 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 59170.20 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.24 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 523 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MLAFIIGLLL LALTMKRKEK KKTMLISPTR NLSLPPGPKS WPLIGNLPEI LGRNKPVFRW IHSLMKELNT DIACIRLANT HVIPVTSPRI AREILKKQDS 101: VFATRPLTMG TEYCSRGYLT VAVEPQGEQW KKMRRVVASH VTSKKSFQMM LQKRTEEADN LVRYINNRSV KNRGNAFVVI DLRLAVRQYS GNVARKMMFG 201: IRHFGKGSED GSGPGLEEIE HVESLFTVLT HLYAFALSDY VPWLRFLDLE GHEKVVSNAM RNVSKYNDPF VDERLMQWRN GKMKEPQDFL DMFIIAKDTD 301: GKPTLSDEEI KAQVTELMLA TVDNPSNAAE WGMAEMINEP SIMQKAVEEI DRVVGKDRLV IESDLPNLNY VKACVKEAFR LHPVAPFNLP HMSTTDTVVD 401: GYFIPKGSHV LISRMGIGRN PSVWDKPHKF DPERHLSTNT CVDLNESDLN IISFSAGRRG CMGVDIGSAM TYMLLARLIQ GFTWLPVPGK NKIDISESKN 501: DLFMAKPLYA VATPRLAPHV YPT |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)