AT5G04230.1
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.649 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : phenyl alanine ammonia-lyase 3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
Member of Phenylalanine ammonialyase (PAL) gene family. Differs significantly from PAL1 and PAL2 and other sequenced plant PAL genes. Arabidopsis has four PALs: AT2G37040 (PAL1), AT3G53260 (PAL2), AT5G04230 (PAL3) and AT3G10340 (PAL4). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
phenyl alanine ammonia-lyase 3 (PAL3); FUNCTIONS IN: phenylalanine ammonia-lyase activity; INVOLVED IN: response to wounding, defense response; LOCATED IN: cytoplasm; EXPRESSED IN: 21 plant structures; EXPRESSED DURING: 13 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Phenylalanine/histidine ammonia-lyase (InterPro:IPR001106), Phenylalanine/histidine ammonia-lyases, active site (InterPro:IPR022313), L-Aspartase-like (InterPro:IPR008948), Phenylalanine ammonia-lyase (InterPro:IPR005922); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: phenylalanine ammonia-lyase 4 (TAIR:AT3G10340.1); Has 4848 Blast hits to 4828 proteins in 1399 species: Archae - 40; Bacteria - 2936; Metazoa - 80; Fungi - 127; Plants - 1170; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 495 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:+:1160831..1163707 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 76245.40 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 6.47 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.16 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 694 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEFRQPNATA LSDPLNWNVA AEALKGSHLE EVKKMVKDYR KGTVQLGGET LTIGQVAAVA SGGPTVELSE EARGGVKASS DWVMESMNRD TDTYGITTGF 101: GSSSRRRTDQ GAALQKELIR YLNAGIFATG NEDDDRSNTL PRPATRAAML IRVNTLLQGY SGIRFEILEA ITTLLNCKIT PLLPLRGTIT ASGDLVPLSY 201: IAGFLIGRPN SRSVGPSGEI LTALEAFKLA GVSSFFELRP KEGLALVNGT AVGSALASTV LYDANILVVF SEVASAMFAE VMQGKPEFTD HLTHKLKHHP 301: GQIEAAAIME HILDGSSYVK EALHLHKIDP LQKPKQDRYA LRTSPQWLGP QIEVIRAATK MIEREINSVN DNPLIDVSRN KAIHGGNFQG TPIGVAMDNT 401: RLALASIGKL MFAQFTELVN DFYNNGLPSN LSGGRNPSLD YGLKGAEVAM ASYCSELQFL ANPVTNHVES ASQHNQDVNS LGLISSRTTA EAVVILKLMS 501: TTYLVALCQA FDLRHLEEIL KKAVNEVVSH TAKSVLAIEP FRKHDDILGV VNREYVFSYV DDPSSLTNPL MQKLRHVLFD KALAEPEGET DTVFRKIGAF 601: EAELKFLLPK EVERVRTEYE NGTFNVANRI KKCRSYPLYR FVRNELETRL LTGEDVRSPG EDFDKVFRAI SQGKLIDPLF ECLKEWNGAP ISIC |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)