AT5G04220.2
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Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:endoplasmic reticulum 0.374 extracellular 0.289 What is SUBAcon? |
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| Experimental Localisations and PPI |
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SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
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| Description (TAIR10) | protein_coding : Calcium-dependent lipid-binding (CaLB domain) family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
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| Computational Description (TAIR10) |
SYTC; FUNCTIONS IN: molecular_function unknown; INVOLVED IN: biological_process unknown; LOCATED IN: endomembrane system; EXPRESSED IN: 19 plant structures; EXPRESSED DURING: 10 growth stages; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: C2 membrane targeting protein (InterPro:IPR018029), C2 calcium/lipid-binding domain, CaLB (InterPro:IPR008973), C2 region (InterPro:IPR020477), C2 calcium-dependent membrane targeting (InterPro:IPR000008); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: synaptotagmin A (TAIR:AT2G20990.1); Has 35333 Blast hits to 34131 proteins in 2444 species: Archae - 798; Bacteria - 22429; Metazoa - 974; Fungi - 991; Plants - 531; Viruses - 0; Other Eukaryotes - 9610 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
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| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:1155985..1158620 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 61873.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 9.53 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.20 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 540 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MGFFTSVLGI IGFVIGIPIG LILGFFVLIY SQPSHQEYPP ARPLVETSIS VLLDLLPDIP LWMKNPDYER VDWFNKFISY MWPYLDKAVC GIIRSSVQPL 101: FADYIGTFCI ESIEFENLSL GTLPPTVHGV KFYETNEKEL LFEPSIKWAG NPNIVLVLKV LSLRIRVQLV DLQFFAIVRV ALKPLLPTFP CFGMVVVSLM 201: EKPHVDFGLK VLGGDLMSIP GLYRYVQETI KRQVSSMYHW PQVLEIPILD SSTASVKKPV GLLHVSILRA RNLLKKDLLG TSDPYVKLSL TGEKLPAKKT 301: TIKKRNLNPE WNEHFKLIVK DPNSQVLQLE VFDWDKVGGH DRLGMQMIPL QKINPGERKE FNLDLIKNSN VVMDSGDKKK RGRLEVDLRY VPFREESIKR 401: RKESREEKSS EDDDFLSQAG LLSVAVQSAK DVEGKKKHSN PYAVVLFRGE KKKTKMLKKT RDPRWNEEFQ FTLEEPPVKE SIRVEVMSKG TGFHFRSKEE 501: LGHVDINLDD VVDNGRINQK YHLINSRNGI IHIEIRWTTS |
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| See Also |
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Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)