AT5G02070.1
|
Subcellular Consensus
(Prediction and Experimental) min:  :max.
SUBAcon:plasma membrane 0.988 What is SUBAcon? |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Experimental Localisations and PPI |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
|
SUBAcon links
AGI-AGI relationships |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Description (TAIR10) | protein_coding : Protein kinase family protein | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Curator Summary (TAIR10) |
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Computational Description (TAIR10) |
Protein kinase family protein; FUNCTIONS IN: kinase activity; INVOLVED IN: protein amino acid phosphorylation; CONTAINS InterPro DOMAIN/s: Protein kinase, ATP binding site (InterPro:IPR017441), Protein kinase, catalytic domain (InterPro:IPR000719), Serine/threonine-protein kinase-like domain (InterPro:IPR017442), Protein kinase-like domain (InterPro:IPR011009), Serine/threonine-protein kinase, active site (InterPro:IPR008271); BEST Arabidopsis thaliana protein match is: Protein kinase superfamily protein (TAIR:AT3G53840.1); Has 114140 Blast hits to 113200 proteins in 4569 species: Archae - 121; Bacteria - 12456; Metazoa - 42740; Fungi - 9504; Plants - 32338; Viruses - 412; Other Eukaryotes - 16569 (source: NCBI BLink). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Protein Annotations |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Coordinates (TAIR10) | chr5:-:405895..408220 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Molecular Weight (calculated) | 72351.60 Da | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| IEP (calculated) | 8.64 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| GRAVY (calculated) | -0.21 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Length | 657 amino acids | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Sequence (TAIR10) (BLAST) |
001: MEKKRSYYAL LIPTLLTVWL ACAGHSCARH AKAKPPMAGP PRCPNCGPMV VPYPLSTGPT CGDQAYRINC VGGKLYFGAL HGSSYVITSI NSVTQRIVLR 101: PPGLASSVSC ISADVSKQGL ELDPHLPFSI TSSNTILLLN CSQAMLQAPI DCSPTSLCYS YIKNNASPCS KAPLCCTFRT DGSQTAYTIR INGGGCLAYQ 201: SFVGLNPNKE VPPPGKKWPD TGLELQWALP KEPVCKTDVD CNLLLGKSKC LPDPTSLGLK RCSCKKGLEW DPVNAICGKC RHGKHCKKKK KTVVFAGAAV 301: AVVGVTLAIA VAVIGTKHSH QKVKKDIHKN IVKEREEMLS ANSTGKSSRI FTGREITKAT NNFSKDNLIG TGGFGEVFKA VLEDGTITAI KRAKLNNTKG 401: TDQILNEVRI LCQVNHRSLV RLLGCCVDLE LPLLIYEFIP NGTLFEHLHG SSDRTWKPLT WRRRLQIAYQ TAEGLAYLHS AAQPPIYHRD VKSSNILLDE 501: KLNAKVSDFG LSRLVDLTET ANNESHIFTG AQGTLGYLDP EYYRNFQLTD KSDVYSFGVV LLEMVTSKKA IDFTREEEDV NLVMYINKMM DQERLTECID 601: PLLKKTANKI DMQTIQQLGN LASACLNERR QNRPSMKEVA DEIEYIINIL SQEVTET |
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| See Also |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Citation
If you find this resource useful please cite one of the following publications:
Hooper CM, Castleden I, Tanz SK, Aryamanesh, and Millar, AH (2017) SUBA4: the interactive data analysis centre for Arabidopsis subcellular protein locations Nucleic Acids Res. Jan 4;45(D1):D1064-D1074. doi: 10.1093/nar/gkw1041 (PubMed)
Hooper CM, Tanz SK, Castleden IR, Vacher MA, Small ID, Millar AH (2014) "SUBAcon: a consensus algorithm for unifying the subcellular localization data of the Arabidopsis proteome. Bioinformatics." 1;30(23):3356-64. (Bioinformatics) (PubMed)